РАСПРОСТРАНЕНИЕ CENTRAL ASIAN/RUSSIAN 94-32 КЛАСТЕРА ГЕНОТИПА BEIJING СРЕДИ НОВЫХ СЛУЧАЕВ ТУБЕРКУЛЕЗА В КАЗАХСТАНЕ
Main Article Content
Authors
А.Ж. Ахметова
Лаборатория геномной и персонализированной медицины, National Laboratory Astana, Назарбаев университет, г. Астана, Казахстан
Кафедра общей биологии и геномики, Евразийский национальный университет им. Л.Н. Гумилева, г. Астана, Казахстан
Ж.М. Абилова
Лаборатория геномной и персонализированной медицины, National Laboratory Astana, Назарбаев университет, г. Астана, Казахстан
Д.А. Ережепов
Лаборатория геномной и персонализированной медицины, National Laboratory Astana, Назарбаев университет, г. Астана, Казахстан
В.Л. Бисмилда
Национальная референс лаборатория, Национальный научный центр фтизиопульмонологии, г. Алматы, Казахстан
Л.Т. Чингисова
Национальная референс лаборатория, Национальный научный центр фтизиопульмонологии, г. Алматы, Казахстан
М.Л. Филипенко
Лаборатории фармакогеномики, Институт химической биологии и фундаментальной медицины, г. Новосибирск, Россия
Факультет естественных наук, Новосибирский государственный университет, г. Новосибирск, Россия
А.Р. Акильжанова
Лаборатория геномной и персонализированной медицины, National Laboratory Astana, Назарбаев университет, г. Астана, Казахстан
У.А. Кожамкулов
Лаборатория геномной и персонализированной медицины, National Laboratory Astana, Назарбаев университет, г. Астана, Казахстан
Abstract
Туберкулез (ТБ) все еще остается одной из актуальных проблем медицины в Казахстане. Казахстан входит в тридцатку стран с высокими показателями ТБ с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ-ТБ), ассоциированного с устойчивостью к самым эффективным антибиотикам первого ряда – рифампицину и изониазиду. Согласно исследованиям, МЛУ-ТБ взаимосвязан с генотипом Beijing. 95% рифампицин- и 50-95% изониазид-устойчивых M. tuberculosis имеют мутации в rpoB и katG генах, наиболее распространенными являются мутации Ser531Leu в 531 кодоне и Ser315Thr в 315 кодоне данных генов, соответственно.
Цель данного исследования: определить доминирующие кластеры генотипа Beijing среди новых случаев ТБ, оценить их взаимосвязь с МЛУ-ТБ и с самыми распространенными мутациями Ser531Leu и Ser315Thr в rpoB и katG генах.
В данной работе было собрано 527 клинических изолятов M. tuberculosis от впервые выявленных случаев туберкулеза из разных областей Казахстана. Генотипирование всех образцов M. tuberculosis было проведено по 24MIRU-VNTR методу. Для изолятов генотипа Beijing дополнительно был проведен RD-анализ по RD105 локусу. Определение мутаций в генах лекарственной устойчивости M. tuberculosis было проведено аллель-специфическим ПЦР в режиме реального времени и секвенированием по методу Сэнгера. c2 и c2 с поправкой Йетса были определены с помощью SPSS Statistics 24.0 и MedCalc online, соответственно.
В нашем исследовании генотип Beijing был идентифицирован в 60% (316/527) случаях.
Central Asian/Russian 94-32 кластер был самым распространенным кластером среди Beijing изолятов (50,3%; 159/316). Три других доминирующих Beijing кластеров, которые были определены в исследовании - 94-33 (3,5%; 11/316), 100-32 (3,2%; 10/316) и 99-32 (2,8%; 9/316). В нашей работе генотип Beijing был ассоциирован с лекарственно-устойчивым ТБ (p<0.0001), в том числе с МЛУ-ТБ (p=0.0001). Среди изолятов Beijing, Central Asian/Russian 94-32 кластер показал ассоциацию с МЛУ-ТБ (p=0.0183). Мутация Ser531Leu rpoB гена была взаимосвязана с генотипом Beijing в целом (p<0.0001; OR = 14.2000; 95%CI: 4.2847–47.0600), но не с определенным Beijing кластером (p>0.05). Мутация Ser315Thr в katG гене не имела статистически достоверную ассоциацию с генотипом Beijing и его доминирующими кластерами (p>0.05).
Таким образом, полученные результаты показали важную роль генотипа Beijing и его Central Asian/Russian 94-32 кластера в распространении лекарственно-устойчивого, в том числе МЛУ-ТБ в Казахстане.