ВЗАИМОСВЯЗЬ МЕЖДУ ТУБЕРКУЛЕЗОМ С МНОЖЕСТВЕННОЙ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТЬЮ И СЕМЕЙСТВОМ BEIJING M.TUBERCULOSIS ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ КАЗАХСТАНА
Main Article Content
Authors
Ж. Абилова
National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Лаборатория геномной и персонализированной медицины, Астана, Казахстан
A. Ахметова
Евразийский национальный университет им. Л.Н. Гумилева, Кафедра общей биологии и геномики, Астана, Казахстан
Н. Сатвалдина
National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Лаборатория геномной и персонализированной медицины, Астана, Казахстан
А. Данияров
National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Лаборатория биоинформатики и системной биологии, Астана, Казахстан
У. Каиров
National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Лаборатория биоинформатики и системной биологии, Астана, Казахстан
А. Акильжанова
National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Лаборатория геномной и персонализированной медицины, Астана, Казахстан
Дж. Алмазан
Школа медицины Назарбаев Университет, Астана, Казахстан
У. Кожамкулов
National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Лаборатория геномной и персонализированной медицины, Астана, Казахстан
Abstract
ТБ по данным ВОЗ на 2021–2025 годы. Цель исследования – определение связи МЛУ с семейством Beijing M.tuberculosis, а также дальнейший геномный анализ данных полногеномного секвенирования клинических изолятов МЛУ M.tuberculosis, распространенных в Казахстане.
В разных регионах Казахстана собрано 271 лекарственно-устойчивый M.tuberculosis от больных туберкулезом, в том числе 143 (52,77%) - МЛУ, 79 (29,15%) - пре-ШЛУ, 21 (7,75%) - монорезистентные, 19 (7,01%). ) – полирезистентными, а 9 (3,32) – ШЛУ к противотуберкулезным препаратам. Семьдесят шесть хорошо охарактеризованных штаммов MDR были отобраны для дальнейшего геномного анализа. Сполиготипирование проводили с использованием коммерчески доступного набора MeltPro® McSpoligotyping Test Kit, Zeesan. Устойчивость к противотуберкулезным препаратам первого ряда определяли с помощью системы BACTEC MGIT-960. Секвенирование проводили на NovoSeq 6000 (Illumina, США).
Результаты генотипирования 76 изолятов МЛУ показали преобладание семейства Beijing M.tuberculosis, которое выявлено в 85,5% случаев (65 клинических изолятов). Остальные изоляты принадлежали к следующим семействам: LAM9 – 3 (3,9%), LAM-RUS – 3 (3,9%), T1 – 2 (2,6%), H3 – 1 (1,3%), MANU2 – 1 (1,3%), С – 1 (1,3%). Сочетание лекарственной устойчивости к трем основным противотуберкулезным препаратам - изониазиду, рифампицину и этамбутолу было наиболее частым и выявлено в 23 случаях (30,2%). Устойчивость к изониазиду, рифампицину, пиразинамиду и этамбутолу выявлена у 21 изолята (27,6%). Устойчивость к изониазиду, рифампицину и пиразинамиду выявлена в 17 случаях (22.4%), а устойчивость к изониазиду и рифампицину выявлена в 15 случаях (19,7%).
Генотип Beijing M.tuberculosis оказался наиболее распространенным среди изолятов МЛУ, циркулирующих в Казахстане. Дальнейший геномный анализ с использованием TB-Profiler, MTBseq, mykrobe, PATRIC и других баз данных позволит проанализировать данные секвенирования генома клинических изолятов M.tuberculosis и определить генетический профиль общей лекарственной устойчивости.
Ссылки на гранты: данное исследование было профинансировано за счет гранта Назарбаев Университета в рамках Программы совместных исследований №11022021CRP1511.