ИСПОЛЬЗОВАНИЕ УНИВЕРСАЛЬНЫХ ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНЫХ ПРАЙМЕРОВ В ГЕНОТИПИРОВАНИИ КАЗАХСТАНСКИХ СОРТОВ ВИНОГРАДА ПО МИКРОСАТЕЛЛИТНЫМ МАРКЕРАМ
Main Article Content
Authors
К.П. Аубакирова
РГП «Институт биологии и биотехнологии растений», Министерство образования и науки Республики Казахстан, Комитет науки, г. Алматы
М.Е. Омашева
РГП «Институт биологии и биотехнологии растений», Министерство образования и науки Республики Казахстан, Комитет науки, г. Алматы
Н.А. Рябушкина
РГП «Институт биологии и биотехнологии растений», Министерство образования и науки Республики Казахстан, Комитет науки, г. Алматы
Л.В. Береснева
РГП «Институт биологии и биотехнологии растений», Министерство образования и науки Республики Казахстан, Комитет науки, г. Алматы
Н.Н. Галиакпаров
РГП «Институт биологии и биотехнологии растений», Министерство образования и науки Республики Казахстан, Комитет науки, г. Алматы
Abstract
В настоящей работе впервые применена и оптимизирована для винограда экономически выгодная методика генотипирования по 6 микросателлитным маркерам с использованием соответствующих пар немеченых специфических праймеров и трёх универсальных олигонуклеотидов, меченых различными флуоресцентными красителями. Данная методика использована для генотипирования ряда перспективных казахстанских сортов, родительских форм и нескольких референсных европейских сортов. Для каждого из 6-ти локусов был вычислен фактор конверсии для определения точного размера аллелей со ссылкой на референсные европейские сорта. В результате для всех европейских сортов полученные в эксперименте размеры аллелей при использовании вычисленного фактора конверсии оказались идентичны размерам в Европейской базе данных Swiss Vitis Microsatellite Database – www1.unine.ch/svmd, что подтверждает адекватность использованного метода. Анализ, проведенный по используемому исследователями винограда набору из 6-ти микросаттелитных маркеров: VVS2 ,VVMD5, VVMD7, VVMD27, ssrVrZAG62 и ssrVrZAG79 подтвердил для казахстанских сортов отношения «потомок – родитель». Освоенный и оптимизированный метод будет использован для генетической идентификации и паспортизации всего генофонда культуры винограда в Казахстане.
Keywords
виноград, генотипирование, SSR маркеры, ДНК, ПЦР
Article Details
References
Итоги Первой национальной сельскохозяйственной переписи 2006-2007 гг. / Сельское хозяйство Казахстана. – Астана, 2008. – Т. 1, Ч. 2. - С. 94.
Zalapa J.E., Cuevas H., Zhu H., Steffan Sh., Senalik D., Zeldin E., Mccown B., Harbut R., and Simon Ph. Using Next-Generation Sequencing Approaches To Isolate Simple Sequence Repeat (Ssr) Loci In The Plant Sciences // American Journal of Botany. – 2012. – Vol. 99. – P. 193-208.
Sefc K.M., Dias E.E., Steinkellner H., Machado M.L.C., Machado A.C. The use of microsatellites for germplasm management in a Portuguese grapevine collection // Theoretical and Applied Genetics. – 1999. – Vol. 99. – Р. 733-739.
Lopes M.S., Sefc K.M., Lopes M.S., Lefort F., Botta R., Roubelakis-Angelakis K.A., Ibáñez J., Pejić I., Wagner H.W., Glössl J., Steinkellner H. Microsatellite variability in grapevine cultivars from different European regions and evaluation of assignment testing to assess the geographic origin of cultivars // Theor Appl Genet. – 2000. – Vol. 100. – P. 498-505.
Martin F. An application of kernel methods to variety identification based on SSR markers genetic fingerprinting // BMC Bioinformatics. – 2011. - Vol. 12:177.
Martín J.P., Borrego J., Cabello F., Ortiz J.M. Characterization of Spanish grapevine cultivar diversity using sequence-tagged microsatellite site markers // Genome. – 2003. – Vol. 46. – P. 10-8.
This P., Jung A., Boccacci P., Borrego J., Botta R., Costantini L., Crespan M.,. Dangl. C. Eisenheld F. Ferreira-Monteiro. S. Grando. J. Iba.n˜ ez T. Lacombe. V. Laucou. R. Magalha˜ es G.S., Meredith C.P., Milani N., Peterlunger E., Regner F., Zulini L., Maul E. Development of a standard set of microsatellite reference alleles for identification of grape cultivars // Theor Appl Genet. – 2004. – Vol. 109. – P. 1448-1458.
Steffens D.L., Sutter S.L., Roemer S.C. An alternate universal forward primer for improved automated DNA sequencing of M13 // Biotechniques. – 1993. – Vol. 15. – P. 580–582.
Baric S., Monschein S., Hofer M., Grill D. and Dallavia J. Comparability of genotyping data obtained by different procedures - an inter-laboratory survey // Journal of Hort. Science and Biotechnology. – 2008. – №83(2). – P. 183-190.
de Arruda M.P., Goncalves E.C., Schneider M.P.C., da Costa da Silva A.L., Morielle-Versute E. An alternative genotyping method using dye-labeled universal primer to reduce unspecific amplifications // Mol Biol Rep. – 2010. – Vol. 37. – P.2031–2036.
Missiaggia A., Grattapaglia D. Plant microsatellite genotyping with 4-color fluorescent detection using multiple-tailed primers // Genetics and Molecular Research. – 2006. – Vol. 5. – P. 72-78.
Blacket M.J., Robin C., Good R.T., Lee S.F., Miller A.D. Universal primers for fluorescent labelling of PCR fragments–an efficient and cost-effective approach to genotyping by fluorescence // Molecular Ecology Resources. – 2012. – Vol.12. – P.456–463.
Schwander F., Eibach R., Fechter I., Hausmann L., Zyprian E., R. Töpfer. Rpv10: a new locus from the Asian Vitis gene pool for pyramiding downy mildew resistance loci in grapevine // Theor Appl Genet. – 2012. - Vol.124. – P.163–176.
Doyle J.J. and Doyle JL. Isolation of plant DNA from fresh tissue // Focus. –1990. – Vol. 12. – P.13-15.
Pompanon F., Bonin A., Bellemain E., Taberlet P. Genotyping errors: causes, сonsequences and solutions // Nature Reviews |Genetics. – 2005. – Vol. 6. – P. 847-859.