ДЕТЕРМИНАНТЫ РЕЗИСТЕНТНОСТИ РОССИЙСКИХ КЛИНИЧЕСКИХ ИЗОЛЯТОВ HELICOBACTER PYLORI ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ - Старкова, Д.А.; Гладышев, Н.С.; Полев, Д.Е.; Саитова, А.; Сварваль , А.В. (Eurasian Journal of Applied Biotechnology, 2024)
В связи с отсутствием в России данных, посвященных изучению детерминант резистентности H. pylori, целью нашего исследования явился поиск и выявление нуклеотидных замен, потенциально ассоциированных с фенотипической лекарственной устойчивостью к кларитромицину, левофлоксацину и метранидазолу клинических изолятов H. pylori. Изучены 44 штамма H. pylori, выделенных от 32 взрослых пациентов с хроническим гастритом, 11 пациентов с язвенной болезнью двенадцатиперстной кишки и 1 пациента с раком желудка (2014-2019 гг.). Чувствительность изолятов H. pylori к антибактериальным препаратам (АБП) определяли бактериологическим диско-диффузионным методом. Тотальную ДНК из чистых культур H. pylori выделяли с использованием набора QIAamp DNA Mini Kit. Полногеномное секвенирование 44 штаммов H. pylori проведено на секвенаторе DNBSEQ-G50. Проведена оценка результатов теста фенотипической лекарственной чувствительности к АБП. Для выявления ассоциации между фенотипической и генотипической устойчивостью к АБП проведен сравнительный анализ нуклеотидных замен в следующих генах: pbp1A, pbp2, pbp3, gyrA, gyrB, rdxA, frxA, 2 копии 23S rRNA, infB (HP1048), rpl22 (HP1314), четырех кластеров генов эффлюксной помпы (HP0605- HP0607 (hefABC), HP0969- HP0971 (hefDEF), HP1327- HP1329 (hefGHI) и HP1487- HP1489), семейство генов белков наружной мембраны (omp1-omp32, ompP1), включая токсиноподобные и регуляторы обмена железа (fecA, frpB), 28 генов флагеллярного семейства, гены множественной лекарственной устойчивости (hetA, msbA, spaB), 49 rpl генов рибосомальных белков. Для установления возможного влияния генов вирулентности на развитие устойчивости к АБП, проведена сравнительная оценка наличия генов острова патогенности cagPAI и среднего числа нуклеотидных замен в 108 генах вирулентности между двумя фенотипическими группами. В результате первого полногеномного секвенирования клинических изолятов H. pylori в России, выявлены детерминанты устойчивости к трем АБП. Впервые в нашем исследовании описаны новые мутации как потенциальные маркеры развития резистентности к кларитромицину клинических изолятов H. pylori.